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区别一，认证对象不同
3C认证的对象是产品，而ISO9001、TS16949等质量管理体系认证的是生产厂家管理方式的认证。也就是说，3C认证是对产品的认证，ISO9001、TS16949等质量管理体系是对工厂建立的质量管理体系的认证，通过认证的工厂能说工厂的管理通过了质量管理体系认证，但不能说工厂的产品通过了质量管理体系认证。
区别二，认证性质不同
3C认证是强制认证，而ISO9001、TS16949等质量管理体系是自愿的，国家并不强制执行。
区别三，认证模式不同
3C认证的模式是型式试验+工厂质量保证能力检查+发证后监督，认证目的是产品本身的质量达到要求并且关注产品的整体结构、关键元器件是否和型式试验时保持一致。而ISO9001、TS16949等质量管理体系的认证方式是工厂质量管理体系检查+发证后监督，认证目的是通过对工厂质量管理体系的检查来判断工厂是否建立了符合体系要求的质量管理体系。
3C认证是国家强制认证，也就是说，如果某种产品涉及人类健康安全，那么它必须通过3C认证才能在市场中流通。与其他质量管理体系相比，3C的力度更强大。